Manajemen B2TKE terdiri atas Pejabat Struktural mulai dari Eselon II sampai Eselon IV dan kelompok jabatan fungsional sesuai Perka BPPT No 012 Tahun 2015. Selain itu dibentuk juga Manajemen Mutu yang berfungsi untuk melakukan peningkatan dan pengendalian mutu kegiatan di B2TKE dan bertanggung jawab langsung kepada Kepala B2TKE.

Struktur Organisasi B2TKE

 
 
No Jabatan Eselon Nama
1 Kepala B2TKE II Dr. Mohammad Mustafa Sarinanto
2 Ka Bag Umum III Winarni, SE
3 Ka Bid Layanan Jasa Teknologi III Ir. Andri Subandriya, M.Si
4 Ka Bid Teknologi Kelistrikan III Ir. Riza, M. Eng
5 Ka Bid Konversi Energi III Dr. Ir. Cahyadi, M.Kom
6 Ka Subbag TUSDM & RT IV Sumanto, SE
7 Ka Subbag Program & Keuangan IV Sugeng, ST., MT
8 Ka Subbid Layanan Jasa IV Dian Khairiani, A.Md
9 Ka Subbid Pengelolaan TPE IV Saiful Mukhid, S.P